Human Proteinpedia
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Human Proteinpedia (Protéinepédia Humaine) est un portail de partage et d'intégration des données protéomiques humaines. [1],[2] Il permet aux laboratoires de recherche de contribuer et de maintenir les annotations protéiques. La base de données de référence de protéines humaines ( HPRD ) intègre des données déposées dans la Human Proteinpedia avec la litératture existante organisée dans le contexte d'une protéine individuelle. [3],[4] En principe, les chercheurs peuvent ajouter de nouvelles données à HPRD en s'inscrivant à la Human Proteinpedia. Les données déposées dans la Human Proteinpedia sont librement téléchargeables. Soulignant l'importance de la disposition des données protéomiques dans les référentiels publics, Nature Methods recommande Human Proteinpedia dans son éditorial. [5] Plus de 70 laboratoires participent à cet effort.
Types des données
Les données relatives aux modifications post-traductionnelles, aux interactions protéine-protéine, à l'expression tissulaire, à l'expression dans les lignées cellulaires, à la localisation subcellulaire et aux relations substrat-enzyme peuvent être soumises à Human Proteinpedia.
Plateformes expérimentales
Les annotations protiéques présentes dans la Human Proteinpedia sont dérivées d'un certain nombre de plates-formes telles que :
- Interaction protéine-protéine basée sur la co-immunoprécipitation et la spectrométrie de masse
- Interaction protéine-protéine basée sur la Co-immunoprécipitation et sur le Western blot
- Expérimentations basées sur la fluorescence
- Immunohistochimie
- Analyse par spectrométrie de masse
- Puces à protéines et à peptides
- Western blot
- Interaction protéine-protéine basée sur double hybride
Ce portail qui permet d'ajouter des informations sur les protéines a été développé comme un effort collaboratif entre le laboratoire du Dr Akhilesh Pandey de l'Université Johns Hopkins et l'institut de bioinformatique.
Liens externes
Les références
- ↑ Kandasamy et al. Human Proteinpedia: a unified discovery resource for proteomics research. Nucleic Acids Research. Advance Access published on October 23, 2008, DOI 10.1093/nar/gkn701.
- ↑ Mathivanan et al. Human Proteinpedia enables sharing of human protein data. Nat Biotechnology. 2008 Feb;26:164-7
- ↑ Mishra et al. Human protein reference database—2006 update. Nucleic Acids Res. 2006 Jan;34(Database issue):D411-4
- ↑ Peri et al. Development of human protein reference database as an initial platform for approaching systems biology in humans. Genome Res. 2003 Oct;13:2363-71.
- ↑ Editorial. Thou shalt share your data. Nat Methods. 2008 Mar;5:209
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